五年国债波动一个点的价值是50元‌。以下是得出该结论的关键信息：
国债期货合约面值及报价

五年期国债期货合约的标的面值是100万元‌。
报价方式为百元报价，最小变动价位是0.005/百元，即0.00005/元‌。

波动一个点的价值计算

波动一个点的价值=交易单位×最小变动价位‌。
因此，五年期国债期货波动一个点的价值=100万×0.00005=50元‌。